課程資訊
課程名稱
生物資訊學導論
Introduction to Bioinformatics 
開課學期
105-1 
授課對象
學程  幹細胞與再生醫學學程  
授課教師
劉力瑜 
課號
Agron5050 
課程識別碼
621 U6390 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 
備註
教室:生物產業自動化中心與蔡政安合開
總人數上限:45人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1051Bioinfo 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程透過講演、文獻閱讀、製作專題計畫等方式,介紹生物資訊學相關技術與資料分析方法。考量生物資訊學隨生物技術快速發展迅息萬變,課程內容主要來自近年最新發表的期刊論文,配合利用自由軟體 (open source software,如:R、Bioconductor等) 進行實際資料分析的演練。此課程適合修過統計學且有志將統計學應用於解釋生物現象的同學修習。為了讓修課同學們有機會體驗生物資訊研究領域為集合統計、生物、資訊等專長人才互相交流的特性,課程將同學分為小組,透過團體合作完成專題計畫,計畫亦作為期中、期末成績考評之依據。 

課程目標
使學生對生物技術原理有概念性的了解,並具備實際資料分析與解釋其生物意義的基礎能力。 
課程要求
  • 作業:透過 Ceiba網站繳交,由助教依據作業完成度及正確與否公正評分;遲交作業不予計分。
  • 研究計畫:同學分為小組(約3-4人一組),以口頭報告方式進行,各組每位成員輪流上台報告,依據同學們對主題的充實程度與用心程度評分,計分方式包含:老師對整組評分40%、同學對整組評分 40%、同組成員互相評分研究進度的參與情況 20%。
  • 期末報告:以口頭報告方式進行,各組每位成員輪流上台報告,依據報告的主題邏輯性、分析法方正確性、創意程度、project完成度與完整性等評分,計分方式包含:老師對整組評分40%、同學對整組評分 40%、同組成員互相評分全學期的參與情況 20%。
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
另約時間 
指定閱讀
 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
assignment 1 (Tsai) 
15% 
 
2. 
assignment 2 (Liu) 
15% 
 
3. 
proposal 
30% 
 
4. 
final presentation 
40% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
  放假一天 
第2週
  Introduction (劉力瑜)  
第3週
  R and Bioconductor (蔡政安) 
第4週
  Related Statistical Topics (蔡政安) 
第5週
  Microarray Techniques (蔡政安) 
第6週
  Microarray Data Normalization & Visualization (蔡政安)  
第7週
  Modern Sequencing Methods (劉力瑜) 
第8週
  Sequence Alignment & Assembly (劉力瑜)  
第9週
  Identify of Gene Signatures (蔡政安) 
第10週
  Class Discovery (蔡政安) 
第11週
  Class Prediction (蔡政安) 
第12週
  Proposal Defense (全體教師) 評分表連結: https://goo.gl/forms/M9UAMDcwy7hsRmz72 
第13週
  Polymorphisms and Comparative Genomics (劉力瑜) 
第14週
  Networks (劉力瑜) 
第15週
  Gene Ontology and Annotation (劉力瑜) 
第16週
  Systems Biology (劉力瑜) 
第17週
  Final Presentation<br>評分表:<a href https://goo.gl/forms/kdAxZIs1FfhXe8wS2>https://goo.gl/forms/kdAxZIs1FfhXe8wS2</a><br>
第一組: 孟宗竹的不同主成分比例影響其商業價值
(探討不同時期的不同種類基因的表現量)<br>
第二組: Genome-wide expression profiling and phenotypic evaluation of European maize inbreds at seedling stage in response to heat stress<br>
第三組: 普通蕎麥與韃靼蕎麥之轉錄體分析<br>
第四組: 探討對腫瘤藥物Pembrolizumab效用與病人的關係<br>
第五組: RNA-seq for Solanum Pennellii <br>
第六組: Transcriptome analysis of tomato introgression line during fruit development<br>
第七組: Whether miRNA regulate macrophage function in the immune system